#![allow(unstable)] // allow unstable libraries
#![feature(rustc_private)] 

#[macro_use]
extern crate chomp;

use std::io;
use std::io::prelude::*;
//use chomp::primitives::Primitives;
use std::collections::HashMap;


/// write: how compiled? how run programm? which parameters for programm call?
// cat gncttr/*fna | cargo run --

// programm for extraction of codon sequences from genoms
fn main () {
	// fill hash with genetic code
	let mut code = HashMap::new();
	code = gencode(); // HashMap<String, String>
	
/*	// translate codon into AS
	let t = "TTT".to_string();
	let AS = code.get(&t);
	println!("AS for {} is {}", t, AS.unwrap());
*/
	
/*	for key in code.keys() {
		println!("{}", key);
	}
	for val in code.values() {
		println!("{}", val);
	}
	for (key, val) in code.iter() {
		println!("{} {}", key, val);
	}
*/
	
	// read sequence from stdin
	let stdin = io::stdin();
	let mut seq = String::new();
	for mut line in stdin.lock().lines() {
		let mut read = line.unwrap();
		chomp(&mut read);
		seq.push_str(&read); // concatenate strings
		//println!("{}", seq);
	}
	
	// split sequence into codons
	let codons = triple(&seq);
	for &c in codons.iter() {
		//println!("{}", c);
		// translate codons
		let AS = code.get(c);
		match AS {
			Some(AS) => println!("{}", AS),
			None 	=> println!("Something went wrong!!\n{} is no codon!", c),		  //println!("AS for codon {} is {}!", c, AS);
		}
	}
	
	// clean sequence -> remove header (![ATCGNU])

/*	// remove newline
	let mut test = format!("test\n");
	let dummy = format!("dummy1");
	//println!("{}", test);
	//rm_newline(&test);
	//test.pop();
	chomp(&mut test);
	//println!("{}", test);
	test.push_str(&dummy);
	println!("{}", test);
*/
	// split sequence into triplet
	
	// compare & translate triplet into AS
	
	// CDS??
	
	
	// print out CDS


}


// remove newline character from string
fn triple (string: &str) -> Vec<&str> {
	// split into triplets
	let mut triplet = String::new();
	let mut codon: Vec<&str> = Vec::new();;
	for (i, s) in string.chars().enumerate() {
		if i%3 == 0 {
			codon.push(&string[(i)..(i+3)]);
			triplet = format!(""); // empty string
		}
		triplet.push(s);
	}
	codon
}


// remove newline character at end of string // rebuild of trim_right_matches("\n")
fn chomp(raw: &mut String) {
	let last = raw.chars().last().unwrap();
	//println!("last character of string is: {}", last);
	if last == '\n' {
		eprintln!("[INFO]\tNewline removed!");
		raw.pop();
	};
}


// create hash containing genetic code
fn gencode() -> (HashMap<String, String>) {
	let mut code = HashMap::new();
	code.insert("TTT".to_string(), "F".to_string());
	code.insert("TTC".to_string(), "F".to_string());
	code.insert("TTA".to_string(), "L".to_string()); 
	code.insert("TTG".to_string(), "L".to_string()); 
	code.insert("TCT".to_string(), "S".to_string());
	code.insert("TCC".to_string(), "S".to_string());
	code.insert("TCA".to_string(), "S".to_string());
	code.insert("TCG".to_string(), "S".to_string());
	code.insert("TAT".to_string(), "Y".to_string());
	code.insert("TAC".to_string(), "Y".to_string());
	code.insert("TAA".to_string(), "*".to_string());
	code.insert("TAG".to_string(), "*".to_string());
	code.insert("TGT".to_string(), "C".to_string());
	code.insert("TGC".to_string(), "C".to_string());
	code.insert("TGA".to_string(), "*".to_string());
	code.insert("TGG".to_string(), "W".to_string());
	code.insert("CTT".to_string(), "L".to_string());
	code.insert("CTC".to_string(), "L".to_string());
	code.insert("CTA".to_string(), "L".to_string());
	code.insert("CTG".to_string(), "L".to_string());
	code.insert("CCT".to_string(), "P".to_string());
	code.insert("CCC".to_string(), "P".to_string());
	code.insert("CCA".to_string(), "P".to_string());
	code.insert("CCG".to_string(), "P".to_string());
	code.insert("CAT".to_string(), "H".to_string());
	code.insert("CAC".to_string(), "H".to_string());
	code.insert("CAA".to_string(), "Q".to_string());
	code.insert("CAG".to_string(), "Q".to_string());
	code.insert("CGT".to_string(), "R".to_string());
	code.insert("CGC".to_string(), "R".to_string());
	code.insert("CGA".to_string(), "R".to_string());
	code.insert("CGG".to_string(), "R".to_string());
	code.insert("ATT".to_string(), "I".to_string());
	code.insert("ATC".to_string(), "I".to_string());
	code.insert("ATA".to_string(), "I".to_string());
	code.insert("ACT".to_string(), "T".to_string());
	code.insert("ACC".to_string(), "T".to_string());
	code.insert("ACA".to_string(), "T".to_string());
	code.insert("ACG".to_string(), "T".to_string());
	code.insert("AAT".to_string(), "N".to_string());
	code.insert("AAC".to_string(), "N".to_string());
	code.insert("ATG".to_string(), "M".to_string());
	code.insert("AAA".to_string(), "K".to_string());
	code.insert("AAG".to_string(), "K".to_string());
	code.insert("AGT".to_string(), "S".to_string());
	code.insert("AGC".to_string(), "S".to_string());
	code.insert("AGA".to_string(), "R".to_string());
	code.insert("AGG".to_string(), "R".to_string());
	code.insert("GTT".to_string(), "V".to_string());
	code.insert("GTC".to_string(), "V".to_string());
	code.insert("GTA".to_string(), "V".to_string());
	code.insert("GTG".to_string(), "V".to_string());
	code.insert("GCT".to_string(), "A".to_string());
	code.insert("GCC".to_string(), "A".to_string());
	code.insert("GCA".to_string(), "A".to_string());
	code.insert("GCG".to_string(), "A".to_string());
	code.insert("GAT".to_string(), "D".to_string());
	code.insert("GAC".to_string(), "D".to_string());
	code.insert("GAA".to_string(), "E".to_string());
	code.insert("GAG".to_string(), "E".to_string());
	code.insert("GGT".to_string(), "G".to_string());
	code.insert("GGC".to_string(), "G".to_string());
	code.insert("GGA".to_string(), "G".to_string());
	code.insert("GGG".to_string(), "G".to_string());
	return code;
}